Un des épisodes les plus tragiques de l’histoire de la Communauté juive africaine est arrivé dans deux petites îles de la côte ouest de l’Afrique appelée Sao Tome et Principe.
Les îles n’étaient pas encore sous influence portugaise en 1496 quand le Portugal expulsa ses Juifs conformément à l’Inquisition espagnole. Quand les espagnols expulsèrent les Juifs qui ne se convertirent pas au catholicisme trois ans plus tôt, beaucoup d’entre eux s’enfuirent au Portugal. Le Roi Manuel du Portugal imposa lourdement les Juifs pour financer ses colonies nationales. Le roi voulut coloniser les petites îles de Sao Tome et Principe, mais ne voulut pas risquer trop de portugais pour le faire. Pour punir les Juifs qui ne payeraient pas l’impôt, le Roi Manuel expulsa presque 2,000 enfants de deux à dix ans dans ces îles. Seulement 600 étaient encore en vie un an plus tard.
Certains des enfants juifs survivants conservèrent un certain semblant de la religion de leurs parents. Au début des années 1600, l’évêque local indiquait avec dégoût qu’il y avait toujours des observances juives dans l’île et retourna au Portugal du fait de sa frustration. Les observances religieuses juives baissèrent au 18ème siècle, mais aux 19ème et 20ème siècles quelques commerçants juifs arrivèrent dans les îles et fondèrent une nouvelle, petite communauté. Aujourd’hui il n’y a aucun Juif de connu dans les Îles, mais les descendants des enfants, qui se distinguent par la peau qui est légèrement plus claire que celle de leurs concitoyens, témoignent de leurs ancêtres.